甜菊糖喂食大鼠后，并不会在上小肠马上被吸收，而是先水解为配基(aglycone)－－甜菊醇，才被肠道吸收。甜菊醇被完全吸收后，成为轭合物在汁中排出，只有极微的份量在尿液中检出。经汁排出后，甜菊醇轭合物会被水解，并参与肝肠循环，其半排出期为24小时。到目前为止，甜菊醇是唯一在粪便中能检出的甜菊糖代谢物，粪便是主要的排出途径。经静脉注射后，甜菊糖迅速分布到身体各处，部分透过肾小管上皮分泌，经尿液排出体外。